OP: There are ellipses … everywhere
This is a Tipitaka writing method called peyyala (p) [පෙය්යාල (පෙ)] to omit repetitive phrases or paragraphs in order to prevent Tipitaka becoming unfeasibly lengthier. In peyyala writing method, ellipsis (...) with or without p (පෙ) used to indicate an omitted phrase or passage.
e.g. The following paragraph written with peyyala.
කතමෙ ධම්මා කුසලා? යස්මිං සමයෙ ලොකුත්තරං ඣානං භාවෙති නිය්යානිකං අපචයගාමිං දිට්ඨිගතානං පහානාය පඨමාය භූමියා පත්තියා විවිච්චෙව කාමෙහි...පෙ...පඨමං ඣානං උපසම්පජ්ජ විහරති දුක්ඛපටිපදං දන්ධාභිඤ්ඤං ඡන්දාධිපතෙය්යං...පෙ...විරියාධිපතෙය්යං...පෙ...චිත්තාධිපතෙය්යං...පෙ...වීමංසාධිපතෙය්යං, තස්මිං සමයෙ ඵස්සො හොති...පෙ...අවික්ඛෙපො හොති...පෙ...ඉමෙ ධම්මා කුසලා.
If we write the same paragraph without peyyala it would become lengthier like this;
කතමෙ ධම්මා කුසලා? යස්මිං සමයෙ ලොකුත්තරං ඣානං භාවෙති නිය්යානිකං අපචයගාමිං දිට්ඨිගතානං පහානාය පඨමාය භූමියා පත්තියා විවිච්චෙව කාමෙහි පඨමං ඣානං උපසම්පජ්ජ විහරති දුක්ඛපටිපදං දන්ධාභිඤ්ඤං ඡන්දාධිපතෙය්යං, තස්මිං සමයෙ ඵස්සො හොති. යස්මිං සමයෙ ලොකුත්තරං ඣානං භාවෙති නිය්යානිකං අපචයගාමිං දිට්ඨිගතානං පහානාය පඨමාය භූමියා පත්තියා විවිච්චෙව කාමෙහි පඨමං ඣානං උපසම්පජ්ජ විහරති දුක්ඛපටිපදං දන්ධාභිඤ්ඤං විරියාධිපතෙය්යං, තස්මිං සමයෙ ඵස්සො හොති. යස්මිං සමයෙ ලොකුත්තරං ඣානං භාවෙති නිය්යානිකං අපචයගාමිං දිට්ඨිගතානං පහානාය පඨමාය භූමියා පත්තියා විවිච්චෙව කාමෙහි පඨමං ඣානං උපසම්පජ්ජ විහරති දුක්ඛපටිපදං දන්ධාභිඤ්ඤං චිත්තාධිපතෙය්යං, තස්මිං සමයෙ ඵස්සො හොති. යස්මිං සමයෙ ලොකුත්තරං ඣානං භාවෙති නිය්යානිකං අපචයගාමිං දිට්ඨිගතානං පහානාය පඨමාය භූමියා පත්තියා විවිච්චෙව කාමෙහි පඨමං ඣානං උපසම්පජ්ජ විහරති දුක්ඛපටිපදං දන්ධාභිඤ්ඤං වීමංසාධිපතෙය්යං, තස්මිං සමයෙ ඵස්සො හොති.
යස්මිං සමයෙ ලොකුත්තරං ඣානං භාවෙති නිය්යානිකං අපචයගාමිං දිට්ඨිගතානං පහානාය පඨමාය භූමියා පත්තියා විවිච්චෙව කාමෙහි පඨමං ඣානං උපසම්පජ්ජ විහරති දුක්ඛපටිපදං දන්ධාභිඤ්ඤං ඡන්දාධිපතෙය්යං, තස්මිං සමයෙ අවික්ඛෙපො හොති. යස්මිං සමයෙ ලොකුත්තරං ඣානං භාවෙති නිය්යානිකං අපචයගාමිං දිට්ඨිගතානං පහානාය පඨමාය භූමියා පත්තියා විවිච්චෙව කාමෙහි පඨමං ඣානං උපසම්පජ්ජ විහරති දුක්ඛපටිපදං දන්ධාභිඤ්ඤං විරියාධිපතෙය්යං, තස්මිං සමයෙ අවික්ඛෙපො හොති. යස්මිං සමයෙ ලොකුත්තරං ඣානං භාවෙති නිය්යානිකං අපචයගාමිං දිට්ඨිගතානං පහානාය පඨමාය භූමියා පත්තියා විවිච්චෙව කාමෙහි පඨමං ඣානං උපසම්පජ්ජ විහරති දුක්ඛපටිපදං දන්ධාභිඤ්ඤං චිත්තාධිපතෙය්යං, තස්මිං සමයෙ අවික්ඛෙපො හොති. යස්මිං සමයෙ ලොකුත්තරං ඣානං භාවෙති නිය්යානිකං අපචයගාමිං දිට්ඨිගතානං පහානාය පඨමාය භූමියා පත්තියා විවිච්චෙව කාමෙහි පඨමං ඣානං උපසම්පජ්ජ විහරති දුක්ඛපටිපදං දන්ධාභිඤ්ඤං වීමංසාධිපතෙය්යං, තස්මිං සමයෙ අවික්ඛෙපො හොති.
ඉමෙ ධම්මා කුසලා.
OP: Latin punctuation like the question mark ? and period . everywhere.
Your first quote is from "Dhammasaṅgaṇī" and it is written in a question and answer pattern. So the latin punctuation question mark (?) has its usual meaning (used at the end of an interrogative sentence). Period (.) is used to indicate the end of a sentence.
OP: Things are aligned in several different ways as in the last image.
I cannot see much importance of the alignment of the sentences.
OP: Again, why so much random bold?
I'm not sure why some of the sentences and words are bold apart from the titles.
OP: And there's quotes ".
Quotes (") are usually used as speaker tags.
OP: What do I really need out of these texts? Do I need to keep the bold and centering and such (i.e., what information does it contain/encode?), or can I get rid of it?
My suggestion is to keep all the formatting except different alignments. (Most importantly the ellipses should be kept). I'm not sure whether the bolds should be kept as they are or not.
Note: This is how I understood. I may be wrong, but not Dhamma.